目錄藍藻門 Cyanophyta藍藻綱 Cyanophyceae 2色球藻目 Chroococcales 2平裂藻科 Merismopediaceae 2平裂藻屬 Merismopedia Meyen， 1839 2腔球藻屬 Coelosphaerium Ngeli， 1849 2烏龍藻屬 Woronichinia (Unger) Elenkin， 1933 3微囊藻科 Microcystaceae 3微囊藻屬 Microcystis Kützing， 1833 3色球藻科 Chroococcaceae 5色球藻屬 Chroococcus Ngeli， 1849 5顫藻目 Oscillatoriales 5顫藻科 Oscillatoriaceae 5顫藻屬 Oscillatoria Vaucher ex Gomont， 1892 5假魚腥藻科 Pseudanabaenaceae 7假魚腥藻屬 Pseudanabaena Lauterborn， 1915 7念珠藻目 Nostocales 8念珠藻科 Nostocaceae 8束絲藻屬 Aphanizomenon Morren， 1838 8長孢藻屬 Dolichospermum (Ralfs ex Bornet & Flahault) Wacklin， Hoffmann & Komárek， 2009 8裸藻門 Euglenophyta裸藻綱 Euglenophyceae 11裸藻目 Euglenales 11裸藻科 Euglenaceae 11裸藻屬 Euglena Ehrenberg， 1830 11柄裸藻屬 Colacium Ehrenberg， 1838 14囊裸藻屬 Trachelomonas Ehrenberg， 1834 14陀螺藻屬 Strombomonas Ehrenberg， 1830 16鱗孔藻屬 Lepocinclis Perty， 1849 18扁裸藻屬 Phacus Dujardin， 1841 19綠藻門 Chlorophyta綠藻綱 Chlorophyceae 22團藻目 Volvocales 22衣藻科 Chlamydomonadaceae 22衣藻屬 Chlamydomonas Ehrenherg， 1833 22盤藻屬 Gonium Müller， 1773 22實球藻屬 Pandorina Bory， 1826 23空球藻屬 Eudorina Ehrenberg， 1832 23雜球藻屬 Pleodorina Shaw， 1894 23團藻屬 Volvox Linnaeus， 1758 24綠球藻目 Chlorococcales 24綠球藻科 Chlorococcaceae 24微芒藻屬 Micractinium Fresenius， 1858 24多芒藻屬 Golenkinia Chodat， 1894 25小樁藻科 Characiaceae 26弓形藻屬 Schroederia (Lemmermann) Korshikov， 1953 26小球藻科 Chlorellaceae 26頂棘藻屬 Lagerheimiella Chodat， 1895 26四角藻屬 Tetraedron Kützing， 1845 27月牙藻屬 Selenastrum Reinsch， 1866 27纖維藻屬 Ankistrodesmus Corda， 1838 27卵囊藻科 Oocystaceae 28并聯藻屬 Quadrigula Printz， 1916 28卵囊藻屬 Oocystis Ngeli， 1855 28網球藻科 Dictyosphaeraceae 29網球藻屬 Dictyosphaerium Ngeli， 1849 29水網藻科 Hydrodictyaceae 29水網藻屬 Hydrodictyon Roth， 1797 29盤星藻屬 Pediastrum Meyen， 1829 30空星藻科 Coelastruaceae 33空星藻屬 Coelastrum Ngeli， 1849 33集星藻屬 Actinastrum Lagerheim， 1882 35柵藻科 Scenedesmaceae 35四鏈藻屬 Tetradesmus Smith， 1913 35十字藻屬 Crucigenia Morren， 1830 36柵藻屬 Scenedesmus Meyen， 1829 36共球藻綱 Trebouxiophyceae 42共球藻目 Trebouxiales 42葡萄藻科 Botryococcaceae 42葡萄藻屬 Botryococcus Kützing， 1849 42絲藻綱 Ulothricophycees 43絲藻目 Ulothricales 43絲藻科 Ulothricaceae 43絲藻屬 Ulothrix Kützing， 1833 43鞘藻目 Oedogoniales 43鞘藻科 Oedogoniaceae 43毛枝藻屬 Stigeoclonium Kützing， 1843 43鞘藻屬 Oedogonium Link， 1820 44膠毛藻目 Chaetophorales 44膠毛藻科 Chaetophoraceae 44毛鞘藻屬 Bulbochaete Agardh， 1817 44雙星藻綱 Zygnematophyceae 45雙星藻目 Zygnematales 45雙星藻科 Zygnemataceae 45轉板藻屬 Mougeotia Agardh， 1824 45水綿屬 Spirogyra Link， 1820 45鼓藻目 Desmidiales 46鼓藻科 Desmidiaceae 46新月藻屬 Closterium Nitzsch ex Ralfs， 1848 46鼓藻屬 Cosmarium Corda ex Ralfs， 1848 47凹頂鼓藻屬 Euastrum Ehrenberg ex Ralfs， 1848 51角星鼓藻屬 Staurastrum Meyen ex Ralfs， 1848 52甲藻門 Dinophyta甲藻綱 Dinophyceae 55多甲藻目 Peridiniales 55裸甲藻科 Gymnodiniaceae 55裸甲藻屬 Gymnodinium Stein， 1878 55多甲藻科 Peridiniaceae 55擬多甲藻屬 Peridiniopsis Lemmermann， 1904 55角甲藻科 Ceratiaceae 56角甲藻屬 Ceratium Schrank， 1793 56隱藻門 Cryptophyta隱藻綱 Cryptophyceae 59隱藻目 Cryptales 59隱藻科 Cryptomonadaceae 59藍隱藻屬 Chroomonas Hansgirg， 1885 59隱藻屬 Cryptomonas Ehrenberg， 1831 59金藻門 Chrysophyta金藻綱 Chrysophyceae 62色金藻目 Chromulinales 62錐囊藻科 Dinobryaceae 62錐囊藻屬 Dinobryon Ehrenberg， 1834 62黃藻門 Xanthophyta黃藻綱 Xanthophyceae 64黃絲藻目 Tribonematales 64黃絲藻科 Tribonemataceae 64黃絲藻屬 Tribonema Derbès et Solier， 1851 64硅藻門 Bacillariophyta中心綱 Centricae 66直鏈藻目 Melosirales 66直鏈藻科 Melosiraceae 66直鏈藻屬 Melosira Agardh， 1824 66溝鏈藻科 Aulacoseiraceae 66溝鏈藻屬 Aulacoseira Thwaites， 1848 66海鏈藻目 Thalassiosirales 68海鏈藻科 Thalassiosiraceae 68海鏈藻屬 Thalassiosira Cleve， 1873 68篩環藻屬 Conticribra Stachura-Suchoples & Williams， 2009 68線篩藻屬 Lineaperpetua Yu， You， Kociolek & Wang， 2023 69骨條藻科 Skeletonemataceae 69骨條藻屬 Skeletonema Greville， 1865 69冠盤藻科 Stephanodiscaceae 69冠盤藻屬 Stephanodiscus Ehrenberg， 1845 69環冠藻屬 Cyclostephanos Round， 1987 70小環藻屬 Cyclotella (Kützing) Brébisson， 1838 70蓬氏藻屬 Pantocsekiella Kiss & ács， 2016 72碟星藻屬 Discostella Houk & Klee， 2004 72琳達藻屬 Lindavia (Schütt) De Toni & Forti， 1900 73塞氏藻屬 Edtheriotia Kociolek， You， Stepanek， Lowe & Wang， 2016 74盒形藻目 Biddulphiales 74盒形藻科 Biddulphiaceae 74側鏈藻屬 Pleurosira (Meneghini) Trevisan， 1848 74角毛藻目 Chaetocerotales 74刺角藻科 Acanthocerataceae 74刺角藻屬 Acanthoceras Honigmann， 1910 74羽紋綱 Pennatae 76脆桿藻目 Fragilariales 76脆桿藻科 Fragilariaceae 76脆桿藻屬 Fragilaria Lyngbye， 1819 76肘形藻屬 Ulnaria (Kützing) Compère， 2001 80櫛鏈藻屬 Ctenophora (Grunow) Williams & Round， 1986 82平格藻屬 Tabularia Williams & Round， 1986 83十字脆桿藻科 Staurosiraceae 83十字脆桿藻屬 Staurosira Ehrenberg， 1843 83窄十字脆桿藻屬 Staurosirella Williams & Round， 1988 84假十字脆